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常见的ORF预测工具
Open Reading Frame Finder - NCBI
ORF Finder - SMS
OrfPredictor  - YSU
基本概念
开放阅读框（英语：Open reading frame；缩写：ORF；其他译名：开放阅读框架、开放读架等）是指在给定的阅读框架中，不包含终止密码子的一串序列。这段序列是生物个体的基因组中，可能作为蛋白质编码序列的部分。基因中的ORF包含并位于开始编码与终止编码之间。由于一段DNA或RNA序列有多种不同读取方式，因此可能同时存在许多不同的开放阅读框架。有一些计算机程序可分析出最可能是蛋白质编码的序列。
关键词：
1. 不包含终止密码子的一串序列；
2. 可能作为蛋白质编码序列的部分；
3. 有多种不同读取方式，因此可能同时存在许多不同的开放阅读框架；
4. 有些工具会用blast比对来提高可信度
 
示例
一段5"-UCUAAAGGUCCA-3"序列。此序列共有3种读取法：

UCU AAA GGU CCA
CUA AAG GUC
UAA AGG UCC

由于UAA为终止编码，因此第三种读取法不具编译出蛋白质的潜力，故只有前两者为开放阅读框架
 
个人当然是推荐使用NCBI大佬开发的工具的啦，发文章可信度高些。
以下是Linux版该工具的说明：

1. USAGE
2.   ORFfinder [-h] [-help] [-xmlhelp] [-in Input_File] [-id Accession_GI]
3.     [-b begin] [-e end] [-c circular] [-g Genetic_code] [-s Start_codon]
4.     [-ml minimal_length] [-n nested_ORFs] [-strand Strand] [-out Output_File]
5.     [-outfmt output_format] [-logfile File_Name] [-conffile File_Name]
6.     [-version] [-version-full] [-dryrun]
8. DESCRIPTION
9.    Searching open reading frames in a sequence
11. OPTIONAL ARGUMENTS
12. -h
13.    Print USAGE and DESCRIPTION;  ignore all other parameters
14. -help
15.    Print USAGE, DESCRIPTION and ARGUMENTS; ignore all other parameters
16. -xmlhelp
17.    Print USAGE, DESCRIPTION and ARGUMENTS in XML format; ignore all other
18.    parameters
19. -logfile <File_Out>
20.    File to which the program log should be redirected
21. -conffile <File_In>
22.    Program"s configuration (registry) data file
23. -version
24.    Print version number;  ignore other arguments
25. -version-full
26.    Print extended version data;  ignore other arguments
27. -dryrun
28.    Dry run the application: do nothing, only test all preconditions
30. *** Input query options (one of them has to be provided):
31. -in <File_In>
32.    name of file with the nucleotide sequence in FASTA format
33.    (more than one sequence is allowed)
34.    Default = `"
35. -id <String>
36.    Accession or gi number of the nucleotide sequence
37.    (ignored, if the file name is provided)
38.    Default = `"
40. *** Query sequence details:
41. -b <Integer>
42.    Start address of sequence fragment to be processed
43.    Default = `1"
44. -e <Integer>
45.    Stop address of sequence fragment to be processed (0 - to the end of the
46.    sequence)
47.    Default = `0"
48. -c <Boolean>
49.    Is the sequence circular? (t/f) *** Under development
50.    Default = `false"
52. *** Search parameters:
53. -g <Integer>
54.    Genetic code to use (1-31)
55.    see https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi for details
56.    Default = `1"
57. -s <Integer>
58.    ORF start codon to use:
59.        0 = "ATG" only
60.        1 = "ATG" and alternative initiation codons
61.        2 = any sense codon
62.    Default = `1"
63. -ml <Integer>
64.    Minimal length of the ORF (nt)
65.    Value less than 30 is automatically changed by 30.
66.    Default = `75"
67. -n <Boolean>
68.    Ignore nested ORFs (completely placed within another)
69.    Default = `false"
70. -strand <String>
71.    Output ORFs on specified strand only (both|plus|minus)
72.    Default = `both"
74. *** Output options:
75. -out <File_Out>
76.    Output file name
77. -outfmt <Integer>
78.    Output options:
79.        0 = list of ORFs in FASTA format
80.        1 = CDS in FASTA format
81.        2 = Text ASN.1
82.        3 = Feature table
83.    Default = `0"

复制代码

　　
&nbsp;

1. ORFfinder -in in.fasta -s 2 -ml 100 -out test.out -outfmt 3

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